一、上一年秋季树体贮藏的有机营养不足。
苹果的一个小幼果仅200万个细胞，谢花后15天以内，一个苹果形成的细胞应达到总数量的85%以上，即3400万个。在谢花后40天以内，一个小苹果的细胞总数量既成定局，即可达到4000万个。苹果形成细胞数量的多少，是苹果个头大小的基础。树体前一年贮存营养的多少，是细胞形成数量多少的关键。细胞形成数量少，当年不管施什么肥，不管施多少肥，最终不如细胞数量多的苹果个头大。
二、施肥不足。
不及时施肥，或者施肥量严重不足，施肥比例不合适，不能配方施肥，平衡施肥，这是目前生产中常见的现象。有的果农，既想多留果，追求高产量，又想少花钱，施肥太少。造成果树常年营养不足，树势衰弱，既影响苹果的细胞形成，也影响苹果细胞膨大，造成历年苹果个头太小。有的果农长期化肥当家，对高含量的化学肥料嗜好如宝，特别是进入六、七月份以后和苹果采收前，大量施入高氮的化肥，因氮肥严重超量，造成后期枝条持续徒长，因枝条消耗养分过多，不但影响苹果细胞的膨大，造成苹果个头小和色泽发绿，而且因树体营养贮存少，影响第二年开花后苹果的细胞形成，也造成第二年苹果个头小。
三、留果过多。

生产上不注意疏花疏果，合理负载，在定果时没有科学疏果，既没有按照叶果比留果，也没有按照间隔距离留果，导致结果过多，加之树体自身合成养分有限，远不能满足这些果实正常生长发育的有机营养，导致因养分供应不足果实变小。
四、上年或者当年病虫害严重。
叶片和根系是苹果个体养分通过光合作用转换成有机养分的主要合成器官，枝干是二者养分和水分的运输器官。因红白蜘蛛、早期落叶病、根腐病等的危害，或是因为干旱或涝灾造成严重落叶、伤根、死根，或者枝干腐烂病、轮纹病（粗皮病）、干腐病等的浸染危害，不但因营养供应不足，影响苹果细胞膨大，造成当年苹果个头小，而且因秋后树体营养不足，第二年开花后影响细胞形成，造成苹果个头小。
五、整形修剪不当。
有些果农对整形修剪观念淡薄，留枝量大，片面认为枝多果多，整形上没有通风透光的意识，修剪上没有平衡树势，导致果园的群体结构和树体结构郁闭，通风不良，光照不足，树体上强下弱，或者结果部位严重外移，果树的下层枝结果普遍偏小。其次就是在精细修剪上没有壮枝结好果的认识，在枝组培养上一味的采用轻剪长放，长放过度导致养分输送距离过长，消耗多供给少，结果自然不好。
六、气候因素。
有的年份整个地区乃至全省苹果普遍个头小，这是气候因素所致。2008年，苹果普遍个头小，是因2007年九、十月份连续近一个月阴雨连绵，叶片不能进行光合作用，树体养分被苹果后期膨大消耗掉，造成树体内部贮存的养分很少，严重影响第二年花后的细胞形成，造成面上普遍苹果个头小。另外，苹果花期和谢花后，如果长期气温比常年偏低，也会使果实细胞发育不良，使果个偏小。不管是气候因素或是留果过多、早期严重落叶等原因，只要造成树体贮存养分太少，即会影响第二年花后的苹果细胞形成。苹果细胞形成数量少，当年不管施什么肥，施多少肥，只能对细胞膨大起到作用，细胞的数量不会再增加，苹果的个头小从基础上已成定局。在同样因气候因素造成苹果普遍个头小的情况下，个别苹果园和个别苹果树的苹果个头大，究其原因是前一年结果很少，冬季树体营养贮存丰富，开花后细胞形成阶段营养充足所致。